Задача иммунной системы - распознавание возбудителей и ответ на инфекцию при любой ее локализации. Так, вирусам для размножения необходимо проникнуть в клетку. Внутриклеточную стадию развития имеют также простейшие, такие как малярийные паразиты (Plasmodium spp.) или трипаносомы (Trypanosma cruzi, возбудитель болезни Чагаса), и бактерии, например Salmonella typhi. Некоторые паразитические простейшие (в том числе трипаносомы - возбудители африканской сонной болезни) паразитируют в крови, тогда как многие крупные многоклеточные паразиты - в тканях или полостях определенных органов (например, ленточные черви). Многие бактерии заселяют эпителиальные покровы и способны проникать во внутреннюю среду организма, чтобы разножаться в тканях.